故事发生在名为创圣学院的学校之中，这个学校被分为男校和女校两个学部，女学部的秉性的是严肃的传统名门院校的学风，而男学部则崇尚开化和革新。泉户裕理（日野聪 配音）就是在男学部就读的一名普通学生，与此同时，他的父亲是八衢神社宫的主人。　　一天，正在进行装修的学校操场地下挖出了一处刻有奇异文字的遗迹，虽然校方认为这并不是什么具有考古价值的遗迹，打算继续施工，但裕理却发现了其中的古怪。入夜，裕理偷偷的潜...

　　革命历228年，E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）和中尉阿基德（入野自由 配音）在巴黎期间化险为夷，将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军（石冢运升 配音）的11区日本少年成濑幸也（松冈祯丞 配音）、佐山流（日野聪 配音）和香坂彩乃（日笠阳子 配音）招募到W Zero部队。在另一边的帝国内，信·修加·夏音度（松风雅也 配音）成功篡位，被封为圣米迦勒骑士团的团长，即将迎来和阿基德的宿命重...